Куда он должен перечислять НДФЛ с доходов работников? 

Исчисленная и удержанная сумма НДФЛ уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства) налогового агента. Об этом сказано в пункте 7 статьи 226 НК РФ. Что касается ИП-плательщиков ЕНВД, то для них предусмотрен иной порядок — они перечисляют НДФЛ с доходов работников по месту своего учета в связи с ведением «вмененной» деятельности.

Таким образом, по месту жительства предприниматель платит НДФЛ с выплат работникам, чей труд используется в деятельности, переведенной на УСН. А налог с доходов работников, которые заняты во «вмененной» деятельности, перечисляется в бюджет по месту учета предпринимателя в связи с осуществлением такой деятельности.