Для организаций и ИП наличие чека, сформированного плательщиком НПД, является обязательным для учета расходов при определении налоговой базы.

В случае отсутствия чека покупатели — плательщики налога на прибыль при определении налоговой базы не вправе учесть расходы, связанные с приобретением у самозанятого - продавца товаров или исполнителя услуг.

Кроме того, для налогового учета расходов покупателя (например, при наличии предоплаты) акт о выполнении работ (оказании услуг) необходим. 

Он является документом, подтверждающим факт их исполнения, а также отражает период или дату их оказания.

Разъяснения ФНС России.